蒙古先后征服了這七大區(qū)域，但并不是這七個(gè)區(qū)域都成了元朝的疆域，因?yàn)樵谶@期間，有的地區(qū)已經(jīng)成為其他汗國(guó)的領(lǐng)土。從成吉思汗十五年（公元1219年）進(jìn)行第一次西征開始，蒙古帝國(guó)的疆域迅速擴(kuò)張，從中亞、西亞直到歐洲。成吉思汗晚年實(shí)行分封，將今天山、阿爾泰山、額爾齊斯河以西的土地都封給了三個(gè)兒子。由于大家服從成吉思汗，帝國(guó)還是統(tǒng)一的。在窩闊臺(tái)當(dāng)大汗時(shí)，也還可以指揮其他各部，但到蒙哥（憲宗）和忽必烈（世祖）時(shí)，各部已經(jīng)不相統(tǒng)屬�；ハ酄�(zhēng)奪大汗的位置，蒙古帝國(guó)分裂成元帝國(guó)和四大汗國(guó)。

　　今新疆的天山以北地區(qū)大部分已經(jīng)封給了窩闊臺(tái)國(guó)，因此始終不在元帝國(guó)的管轄之下。阿母（姆）河南岸被成吉思汗征服以后，沒有分封，所以一直由大汗統(tǒng)治。蒙哥汗時(shí)在那里設(shè)置了阿母河行省，但因離大汗統(tǒng)治區(qū)太遠(yuǎn)，因此蒙哥汗末年將它并入了伊利汗國(guó)。蒙哥汗元年（公元1251年）在今新疆烏魯木齊一帶設(shè)置了別失八里行省，治所在別失八里（今新疆吉木薩爾縣北破城子）。察合臺(tái)汗國(guó)一度據(jù)為己有，后期才重新成為元朝的轄區(qū)。今伊犁河流域也未分封，元世祖至元十二年（公元1275年）設(shè)置了阿里麻里（一作阿力麻里、阿力馬力）行省，以阿里麻里（今新疆霍城縣水定鎮(zhèn)西北）為治所。但該行省存在的時(shí)間更短，兩年后就廢了，以后并入察合臺(tái)汗國(guó)。因此在大部分時(shí)期，元朝的疆域還沒有包括今新疆的全部。

　　從元朝開始，整個(gè)青藏高原成了中原王朝的一部分，與中國(guó)的其他部分結(jié)成了一個(gè)不可分割的整體。根據(jù)吐蕃地區(qū)普遍信奉喇嘛教的實(shí)際，元朝將它劃歸掌管全國(guó)佛教事務(wù)的機(jī)構(gòu)——宣政院（至元初設(shè)置時(shí)稱總制院，至元二十五年改名）管轄，并根據(jù)當(dāng)?shù)匦枰�設(shè)分院駐理。在境內(nèi)設(shè)立吐蕃等處（脫思麻），吐蕃等路（朵甘思），烏思藏、納里、速古魯孫等三路三個(gè)宣慰司，脫思麻司轄有今青海黃南州至四川阿壩州一帶，朵甘思司轄有今青海果洛州、玉樹州至四川甘孜州、西藏昌都地區(qū)，烏思藏司轄有今西藏大部分和克什米爾之地。宣慰司下分轄元帥府、總管府、萬(wàn)戶府、千戶府、宣撫司、安撫司、招討司、萬(wàn)戶、千戶等機(jī)構(gòu)。這些機(jī)構(gòu)有的管理軍事，有的辦理民事，有的兼管軍民。因此盡管元朝為了更有效地統(tǒng)治吐蕃，充分利用了宗教因素，對(duì)吐蕃地區(qū)實(shí)行不同于漢族地區(qū)的政策，但同樣建立了一整套行政和軍事機(jī)構(gòu)，行使著完全的主權(quán)。

　　除了今新疆地區(qū)的較大變動(dòng)外，元朝的疆域是穩(wěn)定的：在北方，西起今額爾齊斯河，東至鄂霍次克海。在東部，擁有朝鮮半島東北部。在西南，包括今克什米爾地區(qū)以及喜馬拉雅山南麓的不丹、錫金等地，今緬甸東北部和泰國(guó)北部。與漢、唐極盛時(shí)期的疆域相比，元朝不僅在面積上大大超過(guò)了它們，而且在控制程度上也有過(guò)之而無(wú)不及。除了吐蕃地區(qū)和今新疆東部三個(gè)直屬于朝廷的單位（別失八里、哈剌火州、哈密力）以外，元朝在全國(guó)都設(shè)置了行中書�。ê�(jiǎn)稱行省），其中包括漢唐時(shí)從未設(shè)置過(guò)正式行政區(qū)的蒙古高原以北和遼河下游以北地區(qū)。對(duì)周圍的鄰國(guó)，元朝都曾進(jìn)行過(guò)軍事征服，有的還設(shè)置過(guò)行政機(jī)構(gòu)。但元朝的統(tǒng)治能維持的時(shí)間都不長(zhǎng)，而且這些國(guó)家仍然是獨(dú)立的，所以還不屬于元朝的疆域。如元朝對(duì)安南（今越南）用兵三次，一度占領(lǐng)了安南，并派了達(dá)魯花赤（地方行政長(zhǎng)官）去監(jiān)督行政，但在安南的激烈反抗下，最后不得不撤出。元朝在緬甸設(shè)置過(guò)緬中行省，存在的時(shí)間也很短。至元二十二年（公元1285年）在高麗設(shè)征東行省，但該省的長(zhǎng)官（丞相）就是高麗國(guó)王，而且對(duì)高麗國(guó)內(nèi)仍稱國(guó)王，所以高麗實(shí)際上只是元朝的屬國(guó)。