在1900年的義和團事件后，匯文大學和協(xié)和大學。這兩所私立教會大學試圖合并，卻因內在矛盾太多，多次協(xié)商未果。1916年后，分別由美國長老會、美以美會、美國女公會、公理會、英國倫敦會等合辦，初期名為“北京大學”。但是這個北京大學跟我們知道的和京師大學堂演變成的北京大學是一點關系都沒有的，最初的燕京大學也叫北京大學，而且英文名字和北京大學是一模一樣的，中英文都是一模一樣的。
由于是不同的教會合辦、不同的學校合并，所以起初管理非�；靵y，一直沒有滿意的校長，直到1919年司徒雷登出任校長，才開始有了轉變。正式成立了燕京大學。1921年校長司徒雷登獲得美國著名出版商亨利·盧斯及美鋁公司創(chuàng)辦人CharlesMartinHall的捐款，在北京西郊購買了數(shù)處前清親王賜園，聘請建筑設計師墨菲進行總體規(guī)劃，建造了近代中國規(guī)模最大、質量最高、環(huán)境最優(yōu)美的一所校園。
燕京大學的東西軸線以玉泉山塔為對景，從校友門經石拱橋、華表（取自圓明園廢墟），方院兩側是九開間的廡殿頂建筑穆樓和民主樓，正面是歇山頂?shù)呢惞珮牵ㄐ姓䴓牵瑑蓚仁亲诮虡呛蛨D書館，沿中軸線繼續(xù)向東，一直到未名湖中的思義亭，湖畔還有博雅塔、臨湖軒。東部以未名湖為界，分為北部的男院和貝公樓。南部的女院。男院包括德、才、均、備4幢男生宿舍以及華氏體育館。女院沿一條南北軸線，分布適樓、南北閣、女生宿舍和鮑氏體育館。燕京大學建筑群在外部盡量模仿中國古典建筑，在內部使用功能方面則盡量采用當時最先進的設備：暖氣、熱水、抽水馬桶、浴缸、飲水噴泉等等。1926年，正式遷址。
1927年，燕大與哈佛大學合作組成了著名的哈佛燕京學社，促進中美文化交流。到1930年代，燕大已發(fā)展成為中國學術水平最高的教會大學。
燕京大學（1919-1952）雖為教會學校，但其本著“因真理，得自由，以服務”的精神，實行的卻是綜合教育：全人格教育、博雅通識教育、身心靈健康教育（1920年代初，取消了宗教儀式和宗教必修課，同時加強了國學課程，規(guī)定學生必須修滿一定的國學課程才能畢業(yè)）。自1919年草創(chuàng)，至1952年停辦的短短33年中，創(chuàng)下了中國大學教育史上的兩大奇跡：
第一，創(chuàng)辦頭10年間，燕京大學就從一個三校（匯文大學、華北協(xié)和女子大學、通州協(xié)和大學）合并、互相扯皮的“爛攤子”，一躍成為可與中國乃至國際知名的一流大學比肩的綜合性大學；
第二，在戰(zhàn)亂中成長，燕京大學的學科設置在中國大學史上是開創(chuàng)性的，燕大培育的注冊學生雖然總共僅9988人，不如今天中國一個三類大學的學生規(guī)模，但卻有一大批杰出人物。謝婉瑩（冰心）、費孝通、吳文藻、李安宅、周一良、周汝昌、余英時、李慎之、資中筠、黃昆、吳興華、王世襄、阮銘、侯仁之、林啟武、連士升、翁心植、王夔、翁獨健、林書顏、丁漢波、鄭德坤、蔣彥永、鄭念、鄧家棟、趙蘭坤、黃篤修、杜聯(lián)喆、房兆楹、沈昌煥、俞啟威、沈劍虹、江平、劉家棟、陳浩、張鳴岐、張貽、余夢燕、魏景蒙、侯祥麟、秦希廉、譚其驤、黃華、周南、柯華、蕭乾……；
42位中國科學院院士，11位中國工程院院士；91名學科奠基人；中國工業(yè)化過程中有所發(fā)明或研制出重要產品及重要發(fā)明的發(fā)明家有7人；
第二次世界大戰(zhàn)結束時，在密蘇里巡洋艦上見證日本投降的3位中國記者，朱啟平、黎秀石、曾恩波全部來自燕大，二戰(zhàn)時期，中國駐國外各大城市的新聞特派員，十有八九是燕京新聞系畢業(yè)生；
1979年，鄧小平訪美，21人的代表團中包含了7名燕京畢業(yè)生。
1952年全國院系調整，燕京大學被拆分，文科、理科等并入北京大學，工科并入清華大學。由燕京大學直接拆分而成的大學包括：中國政法大學（燕京大學法學院）、中央財經大學（燕京大學經濟系）、中央民族大學（燕京大學歷史系）。
1898年6月11日，光緒帝下《明定國是詔》，正式提出要興辦京師大學堂。同年7月3日，京師大學堂在孫家鼐的主持下在北京創(chuàng)立，最初校址在北京景山東街（馬神廟）和沙灘（故宮的東北）紅樓（北京五四大街29號）等處。京師大學堂是中國近代第一所正式大學。1900年，八國聯(lián)軍侵華，打入北京后，京師大學堂遭受破壞。1902年12月，京師大學堂恢復。吏部尚書張百熙任管學大臣。吳汝綸和辜鴻銘任正副總教習，嚴復和林紓分任大學堂譯書局總辦和副總辦。創(chuàng)辦于1862年洋務運動期間的京師同文館也并入大學堂。1904年選派首批47名學生出國留學。北京大學社團活動(11張)自國子監(jiān)和科舉制度取消、京師大學堂成立以后，京師大學堂即成為中國惟一官方最高學府和官方教育行政機構，加上各方最優(yōu)秀之士子大部分均投身京師大學堂，從職能、學統(tǒng)等方面均顯示出京師大學堂與國子監(jiān)之間的傳承，因此不少學者皆認為京師大學堂（北京大學）是中國太學的惟一正統(tǒng)繼承者。