首先，對(duì)于康有為一貫提倡的尊孔保教論，他由模糊的懷疑轉(zhuǎn)為明確的反對(duì)�？涤袨榘芽鬃訉W(xué)說拔高到宗教的地位，梁?jiǎn)⒊瑒t認(rèn)為孔子學(xué)說不是宗教。孔子學(xué)說講求倫理道德，治國(guó)安邦，是一種積極進(jìn)取的學(xué)說，是入世，而不是出世�？鬃颖救艘膊皇亲诮碳遥瑢�(duì)靈魂、鬼神采取一種懷疑乃至敬而遠(yuǎn)之的態(tài)度。梁?jiǎn)⒊M(jìn)一步認(rèn)為，把孔子學(xué)說無限上綱，會(huì)對(duì)現(xiàn)實(shí)生活產(chǎn)生深遠(yuǎn)的危害，最主要的是束縛國(guó)民思想。他認(rèn)為保教之說是拿近世的新學(xué)新理來緣附孔子，這是愛孔子，而不是愛真理。
其次，對(duì)于康有為一向堅(jiān)持的托古改制，梁?jiǎn)⒊矟u漸視為陳詞濫調(diào)。托古改制學(xué)說是康有為在戊戌變法時(shí)期著力宣揚(yáng)的理論，也是他呼吁君主立憲的理論基礎(chǔ)，梁?jiǎn)⒊缒陮?duì)這一學(xué)說曾津津樂道。到日本后，梁?jiǎn)⒊瑨仐壛诉@種站不住腳的論斷，“啟超自三十歲以后，絕口不談偽經(jīng)，亦不甚談改制，而其師康有為大倡設(shè)孔教會(huì)，定國(guó)教祀天配孔諸議，國(guó)中附和不乏，啟超不謂然，屢起而駁之”（《清代學(xué)術(shù)概論》）。
第三，對(duì)于康有為自視甚高的《大同書》，梁?jiǎn)⒊膊灰詾槿�。梁�(jiǎn)⒊J(rèn)為所謂烏托邦式的“大同”，實(shí)際上是西方的世界主義，是一種理想，可施于未來，而中國(guó)的現(xiàn)狀岌岌可危，講大同于事無補(bǔ)，不如提倡講現(xiàn)實(shí)的國(guó)家主義。梁?jiǎn)⒊砟暝f：“中國(guó)思想之痼疾，確在‘好依傍’與‘名實(shí)相淆’，若援思想，而必自謂出孔子；康有為之大同空前創(chuàng)獲，則思想終無獨(dú)立自由之望，啟超蓋于此三致意焉，然持論既與其師不合，康、梁學(xué)派遂分。”
從康有為和梁?jiǎn)⒊瑑扇说男愿窈椭螌W(xué)精神來看，兩人學(xué)術(shù)思想的分家是必然的。首先，康有為為人固執(zhí)，他的學(xué)術(shù)體蠙n尚謂顯紓院蟛輝贛興囊祝?ldquo;有為常言：‘吾學(xué)三十已成，此后不復(fù)有進(jìn)，亦不必有進(jìn)’”。而梁?jiǎn)⒊瑒t不然，他善于學(xué)習(xí)，易于接受新思想，學(xué)問突飛猛進(jìn)的梁?jiǎn)⒊c墨守成規(guī)的康有為之間的差異，隨著時(shí)間的推移越來越明顯。其次，梁?jiǎn)⒊L(zhǎng)期跟隨康有為，對(duì)康有為為人為學(xué)的短處洞若觀火。梁?jiǎn)⒊谂u(píng)其師的缺點(diǎn)時(shí)曾說：“有為以好博好異之故，往往不惜抹煞證據(jù)或曲解證據(jù)，以犯科學(xué)家之大忌。”梁?jiǎn)⒊饺毡竞笮聦W(xué)得科學(xué)主義，大有青出于藍(lán)之勢(shì)，對(duì)他老師的武斷越來越不能容忍了。最后，梁?jiǎn)⒊磳?duì)治學(xué)“好依傍”與“名實(shí)相混”，而康氏學(xué)說似乎二者均占。二人學(xué)術(shù)上的分歧越來越大，最終造成康梁學(xué)派的分家。
二、政治信仰的乖異
梁?jiǎn)⒊谖煨缱兎ㄇ昂�，秉承其師衣缽，在保持君主政體不變的大前提下，著力宣揚(yáng)變革。到日本后，他接受了大量西方先進(jìn)思想，促成了他學(xué)術(shù)思想的轉(zhuǎn)變，并帶動(dòng)了他政見的改變。他創(chuàng)立新民說，大力提倡自由主義，認(rèn)為自由是天下的公理，人生的要具。而康有為卻對(duì)自由二字深惡痛絕。梁?jiǎn)⒊J(rèn)為興民權(quán)是啟迪民智，祛除奴隸性的必要手段�？涤袨檎J(rèn)為當(dāng)日之急務(wù)在于開民智，但與此同時(shí)又不能提倡興民權(quán)，否則會(huì)天下大亂。
二人最大的政見不同還在于救國(guó)之路是革.命還是改良上。康有為始終抱著他的公羊三世說不放，認(rèn)為歷史必須沿著據(jù)亂、升平向太平世演進(jìn)，相應(yīng)的政體只能是君主專制、君主立憲和民主共和，不可“躐（liè）等”（不按次序）。而梁?jiǎn)⒊瑒t思想日益激進(jìn)。1899年，康有為去美洲后，梁?jiǎn)⒊c孫中山的關(guān)系日益密切，傾向革.命，醞釀兩派聯(lián)合。此事被康有為拆散后，梁?jiǎn)⒊瑢Ｐ陌l(fā)動(dòng)自立軍勤王起義。起義失敗后，受好友唐才常被殺的刺激，梁?jiǎn)⒊謨A向革.命。同時(shí)梁?jiǎn)⒊喿x了資產(chǎn)階級(jí)思想家的大量著作，思想激蕩，盧梭的《民約論》對(duì)他影響尤大，認(rèn)為是最適合醫(yī)療中國(guó)之病的良藥。他拋開了維新變法理論，轉(zhuǎn)而主張“破壞主義”、革.命排滿等激進(jìn)思想。在給康有為的信中，明確提出應(yīng)該搞“民族革.命”�？涤袨橛煮@又怒，在公開的場(chǎng)合，他著文荒謬地把印度亡國(guó)的原因歸結(jié)到各省的自立上。在私下里，他給梁?jiǎn)⒊瑢懥藬?shù)以萬(wàn)字的信函，一方面痛詆梁?jiǎn)⒊环矫胬^續(xù)兜售他的革.命恐怖論。梁?jiǎn)⒊砻嫔锨鼜挠诳涤袨榈膲毫�，�?shí)際上仍堅(jiān)持自己的主張，“惟言革事，則至今未改也。……問諸本心，能大改乎？”