南派共濟(jì)會(huì)大師孫傳庭的戰(zhàn)死，讓共濟(jì)會(huì)震驚的發(fā)現(xiàn)自己手中已經(jīng)失去了最后一支可以依仗的軍事力量，只剩下輿論力量的南派共濟(jì)會(huì)在此后的歷史中驚人的軟弱無(wú)力，他們無(wú)奈的面對(duì)了京城的陷落和宏光的登基。南派共濟(jì)會(huì)大師史可法無(wú)奈的選擇在揚(yáng)州殉國(guó)。而他們的政策也僅限于向羅馬和國(guó)際共濟(jì)會(huì)要求援助，但卻遭到日本共濟(jì)會(huì)的阻撓。
這一時(shí)期的一個(gè)重要事件是北派共濟(jì)會(huì)理事冒起宗的兒子冒襄在南京參加了南派共濟(jì)會(huì)，這一事實(shí)向南方共濟(jì)會(huì)揭示了北派共濟(jì)會(huì)的存在和萬(wàn)歷以來(lái)的種種陰謀。這導(dǎo)致了南北兩大共濟(jì)會(huì)組織的彼此認(rèn)識(shí)，和全面開(kāi)戰(zhàn)。
日本共濟(jì)會(huì)堅(jiān)定的捍衛(wèi)著幕府的海禁政策，從而對(duì)遠(yuǎn)東貿(mào)易采取釜底抽薪的策略，從而一再的阻撓國(guó)際共濟(jì)會(huì)對(duì)遠(yuǎn)東問(wèn)題的關(guān)注和對(duì)明的援助。而北方共濟(jì)會(huì)則全面倒向清，從而在南北斗爭(zhēng)中取得了壓倒性優(yōu)勢(shì)。南方共濟(jì)會(huì)大師張蒼水的被殺標(biāo)志著南方共濟(jì)會(huì)走向崩潰和瓦解，鄭成功作為南方共濟(jì)會(huì)的成員卻秘密投降北派，讓南方共濟(jì)會(huì)和教皇皆無(wú)計(jì)可施。此時(shí)抗清運(yùn)動(dòng)已經(jīng)失去基礎(chǔ)變成了南方共濟(jì)會(huì)煽動(dòng)下的小規(guī)模事件，羅馬教廷因此而決定拋棄南方共濟(jì)會(huì)，重建大都總主教區(qū)，與北方共濟(jì)會(huì)全面恢復(fù)合作。但是這一政策遭到了耶穌會(huì)里同情南派共濟(jì)會(huì)的高級(jí)教士的阻撓。
他們采取的驚人的“粗暴政策”導(dǎo)致了雍正對(duì)基督教的禁絕，同時(shí)也間接的導(dǎo)致南北方共濟(jì)會(huì)全都被迫轉(zhuǎn)入地下。北方共濟(jì)會(huì)的理事會(huì)成員曹雪芹用他的小說(shuō)敘述了南北兩大共濟(jì)會(huì)組織的興衰。并抒發(fā)了他的憤懣。與南派共濟(jì)會(huì)成員孔尚任哀嘆南方共濟(jì)會(huì)和明的命運(yùn)的《桃花扇》相映成趣。
此后南方共濟(jì)會(huì)長(zhǎng)期處在群龍無(wú)首的混亂狀態(tài)，熱衷于組織反清起義或者秘密會(huì)社，而北派則以滲透清zf和士大夫恢復(fù)獨(dú)立的合法的教會(huì)為目標(biāo)。
南派共濟(jì)會(huì)的中興大師是林則徐，他是第一個(gè)站出來(lái)跟清庭合作的南派大師，也是第一個(gè)準(zhǔn)備拋棄抗清政策和對(duì)耶穌會(huì)依賴政策的南派大師，但是他激進(jìn)的政策觸怒了他的理事會(huì)，于是絕大部分理事會(huì)成員倒向堅(jiān)持抗清政策的洪秀全，在金田起義之后林則徐剛剛出面鎮(zhèn)壓洪秀全，洪秀全的支持者就大批逃走暴露了共濟(jì)會(huì)內(nèi)部的分裂和無(wú)力，而林則徐之被毒死才給洪秀全成為無(wú)爭(zhēng)議的大師掃清道路。
之后的南派大師從洪秀全到孫中山，到m延續(xù)了一條不斷攀升的路線，但是當(dāng)南派共濟(jì)會(huì)要求
m放棄對(duì)蘇聯(lián)的依賴政策，轉(zhuǎn)而繼續(xù)依賴歐洲的時(shí)候，m和一貫敵視歐洲的北派共濟(jì)會(huì)建立了聯(lián)系。他雖然順從的切斷了跟蘇聯(lián)的關(guān)系，但斷然的發(fā)動(dòng)了文革，希望蕩平南派共濟(jì)會(huì)的力量，依靠北派共濟(jì)會(huì)的支持實(shí)現(xiàn)獨(dú)立自主的理想。
南派共濟(jì)會(huì)轉(zhuǎn)而支持新大師D。歷史翻開(kāi)了新的一頁(yè)，南派再次取得壓倒性優(yōu)勢(shì)，志得意滿的南派共濟(jì)會(huì)在本世紀(jì)初選擇了一個(gè)網(wǎng)絡(luò)寫(xiě)手為他們的新大師并以南派三叔的ID走紅中國(guó)網(wǎng)絡(luò)，以此炫耀他們的勝利，但是北派共濟(jì)會(huì)則以讓南派三叔成為太監(jiān)三叔的方式回答了南派的挑戰(zhàn)。并準(zhǔn)備再次發(fā)動(dòng)WG