明朝嘉靖年間重錄《永樂(lè)大典》后，有關(guān)大典的記載就很少見(jiàn)了，特別是永樂(lè)正本的下落更是人云亦云、變得撲朔迷離。有人認(rèn)為大典正本毀于戰(zhàn)亂或火災(zāi)，早已蕩然無(wú)存。有人卻認(rèn)定大典應(yīng)該是被殉葬了，還有重現(xiàn)于世的希望，要不然怎么會(huì)突然間杳無(wú)音訊的呢?以歷史記載詳實(shí)而著稱的中國(guó)，怎么會(huì)連這樣大的一部重要典籍的下落都沒(méi)有記載呢?實(shí)在匪夷所思!正本究竟遭受了何等命運(yùn)?如何亡佚的?至今還是歷史上的一大懸案。
毀于明末說(shuō)
根據(jù)史書(shū).記載，永樂(lè)年間曾經(jīng)考慮例將新編就的《永樂(lè)大典》付梓，但因工費(fèi)浩繁而罷。嘉靖副本重錄30年后，又有南京國(guó)子祭酒陸可教曾上書(shū)建議刊刻大典，因?yàn)橥瑯拥脑蛭幢徊杉{。更有太史令李維楨批評(píng)《大典》“冗濫可厭，殊不足觀”，說(shuō)明在明朝萬(wàn)歷年間，《永樂(lè)大典》仍然存世�？傻搅嗣髂瑢W(xué)者談遷和顧炎武卻認(rèn)為大典在萬(wàn)歷末年間就毀于大火了。熟悉明末宮闈舊事的宦官劉若愚寫(xiě)的《酌中志》也說(shuō)：“舊《永樂(lè)大典》二部，今又見(jiàn)貯于何處也?”真是一點(diǎn)線索也沒(méi)有。所以《四庫(kù)全書(shū)總目》就下了個(gè)結(jié)論，說(shuō)“明祚既傾，南京原本和皇史宬副本并毀”，還說(shuō)嘉靖錄副時(shí)，實(shí)際上是抄了正、副二本，錄副后，永樂(lè)原本歸還南京去了，一并毀于明末戰(zhàn)亂。這些說(shuō)法看來(lái)并沒(méi)有明確的歷史依據(jù)。
毀于嘉慶乾清宮大火說(shuō)
清朝康熙年間，學(xué)者徐乾學(xué)和高士奇等人在皇史宬中發(fā)現(xiàn)了《永樂(lè)大典》副本，已有殘缺。雍正間，這部副本被運(yùn)到翰林院保存了起來(lái)。學(xué)者全祖望猜測(cè)永樂(lè)正本應(yīng)該還在乾清宮中，希望能用正本來(lái)配補(bǔ)遺失的副本。清末的繆荃孫也執(zhí)相同看法，并且明確說(shuō)，正本是在嘉慶年間乾清宮大火中被焚毀了。可是乾隆間編纂《天祿琳瑯書(shū)目》時(shí)并沒(méi)有記載正本的存在。而且乾隆皇帝在編纂《四庫(kù)全書(shū)》時(shí)，還尋找過(guò)丟失的副本，負(fù)責(zé)輯佚《永樂(lè)大典》的館臣們也沒(méi)有見(jiàn)過(guò)正本。所以正本毀于乾清宮大火的說(shuō)法應(yīng)該是靠不住的。
殉葬說(shuō)
20世紀(jì)60年代，位于北京十三陵的明神宗(萬(wàn)歷皇帝)的陵墓定陵的大門(mén)被緩緩打開(kāi)。定陵的挖掘是當(dāng)時(shí)考古界和史學(xué)界的一件大事，報(bào)刊一時(shí)紛紛報(bào)道。但定陵的挖掘還有著一層不為人所知的背景，就是以郭沫若為首的一些史學(xué)家論證《永樂(lè)大典》的正本被殉葬在定陵中，結(jié)果當(dāng)然讓人有些失望�？墒恰队罉�(lè)大典》殉葬說(shuō)卻被很多學(xué)者所采納，他們從最喜愛(ài)《永樂(lè)大典》的明世宗的下葬時(shí)間和《永樂(lè)大典》錄副的進(jìn)度來(lái)比較，以及從《永樂(lè)大典》正本突然失蹤的情況來(lái)判斷，猜測(cè)《永樂(lè)大典》的正本極有可能是殉葬在明世宗的陵墓──永陵中去了。殉葬說(shuō)并不意味著我們尚可以找到完整無(wú)損的《永樂(lè)大典》正本，可是這部資料價(jià)值極高而又歷經(jīng)磨難的類書(shū)的命運(yùn)又一次牽動(dòng)了人們的神經(jīng)，而被廣泛地關(guān)注和報(bào)道�！队罉�(lè)大典》的命運(yùn)已經(jīng)成為人們心中永遠(yuǎn)解不開(kāi)的結(jié)。
不知從什么時(shí)候起，流傳一種說(shuō)法，說(shuō)嘉靖皇帝將一部永樂(lè)大典入藏在他的陵墓里。還有一個(gè)更著名的說(shuō)法，說(shuō)永樂(lè)皇帝本人也陪葬了一部。將兩種說(shuō)法比較，后者稍微還可信些，畢竟永樂(lè)大典是以永樂(lè)帝的年號(hào)命名，是永樂(lè)帝最重要的“文功”，他帶走一部陪葬，在地下閑來(lái)無(wú)事翻翻，回憶一下生前的王者榮耀，倒也情有可原。要說(shuō)嘉靖帝入葬一套，就沒(méi)有道理了。
嘉靖帝確實(shí)很重視這部書(shū)，所以他在位時(shí)，組織人抄寫(xiě)了一正一副兩部，分別珍藏，目的是防止火災(zāi)或其他什么事故，書(shū)一下子全毀了。這也是他為保存文化所做的貢獻(xiàn)，但憑什么證明，他竟癡迷于這部書(shū)，死了還舍不得，一定要帶走一部？嘉靖皇帝大半生癡迷的，是齋醮修煉、服食丹藥，大典里修仙飛升、長(zhǎng)生不老的內(nèi)容，他可能很感興趣，甚至可能把相關(guān)內(nèi)容摘出來(lái)學(xué)習(xí)（大典本來(lái)就是類書(shū)，是按知識(shí)分類抄寫(xiě)的書(shū)，很像當(dāng)代的詞典），他怎么會(huì)有興趣把所有的書(shū)都帶走？